超聲波反應釜的研制主要是針對普通超聲波反應器不能承受高溫高壓，普通反應釜對部分特殊類型反應過程緩慢而重新設計，它將二者的有機結合，既保留普通反應釜能承受高溫高壓、控溫精度高、攪拌效果好，又具有超聲波的破碎、空化、剝離效應，具有反應時間短、反應效果好、操作簡單。
超聲波反應釜的運用應按說明書要求設置工作參數，比較敏感的樣品一般外面采用冰浴，實際溫度肯定是低于25度，蛋白核酸肯定不會變性。
1、容器選擇
應根據樣品量選擇容器，不宜選擇過大的燒杯，如20ml的樣品宜選用20ml的燒杯。這樣可有利于樣品在超聲中對流，提高超聲波破碎效率。若實驗中選用1.5ml的EP管盛放樣品，務必將EP管固定好，以防冰浴融化后液面下降導致空載。
2、工作時間
超聲每次持續工作時間不宜超過5秒，工作間隙時間應大于或等于超聲時間，以便于熱量散發。時間設定應以超聲次數多、超聲時間短原則，可增加超聲波反應釜以及超聲探頭的壽命。
3、超聲功率
超聲波反應釜是一種利用強超聲在液體中產生空化效應，對物質進行超聲處理的多功能、多用途的儀器。樣品不宜太大，以免樣品飛濺或起泡沫，如：
1)小于10ml樣品容量，功率應在200w以內,選用2mm超聲探頭，另將面板后面的變幅桿選擇開關打到相應擋;
2)10-200ml樣品容量的功率在200-400w，選用6mm超聲探頭，另將面板后面的變幅桿打到相應擋;
3)200ml以上的樣品容量功率在300-600w之間，選用10mm超聲探頭，另將面板后面的變幅桿打到相應擋;(2MM的小探頭功率嚴禁超過350W)。
